Los Hermanos de San Juan de Dios (Juaninos, Hermanos Hospitalarios) aparecen en la Iglesia después de la muerte de San Juan de Dios (1492-1550). Muy pronto, quienes le acompañaron durante el ejercicio de su misión, por petición del rey Felipe II, reciben de manos del Papa San Pío V el Breve Salvatoris nostri (8-ago-1571) y la Bula Licet ex debito (1-ene-1572) por la cual se constituye oficialmente la Congregación Religioso-Hospitalaria de los Hermanos de San Juan de Dios, bajo la regla de San Agustín y la obediencia de los ordinarios del lugar, concediéndoles un hábito propio. Posteriormente, el 1 de Octubre de 1586, el Papa Sixto V, con la bula Etsi pro debito, eleva la congregación a una Orden Regular, llegando a ser la primera Orden Religiosa laical (no clerical) en la historia de la Iglesia, o sea constituida por sólo hermanos religiosos.
Los hermanos llegaron a América en Febrero de 1568 (quince años después de la muerte de Juan de Dios), al Virreinato de la Nueva España que comprendía desde México hasta Venezuela (Estados Unidos, México, Guatemala, Belice, El Salvador, Honduras, Nicaragua, Costa Rica, Cuba, República Dominicana; Puerto Rico, Trinidad y Tobago; Filipinas). El Rey Felipe II, por una real cédula del 2 de diciembre de 1595, le da licencia a la congregación de Juan de Dios para fundar hospitales en América.
Ya en los finales del siglo XVI, la Congregación Española había fundado hospitales en Cartagena de Indias (1595) y la Habana, Cuba, (1603). Para ello, formaron la Provincia del Espíritu Santo, en México, y atendía ante todo las necesidades físicas inmediatas de los más pobres, partiendo del principio que se llegaba a las almas mediante los cuidados otorgados a los cuerpos dolientes. Desde México, en 1604 llegan a Honduras por primera vez. Al parecer, se encargaban de pequeñas boticas anexas a los conventos. En las Reales Botijas se preparaban emplastos, cataplasmas y ungüentos que se hicieron famosas en Trujillo, Comayagua, San Jorge (Juticalpa) y Ojojona.
A finales del Siglo XVII, la Congregación Española tenía en funcionamiento las Provincias de Andalucía, Castilla y Portugal, así como en América, en el Virreinato de Nueva España, Tierra Firme (Colombia, Venezuela, Panamá, Costa Rica), Perú y Brasil, llegando a contar con 117 hospitales, 3400 camas, 1100 hermanos y atendían unos 40.300 enfermos cada año.
En 1650 se sabe de la construcción de un Hospital en la ciudad de Santa María de Comayagua, por interés del obispo Juan Modesto Merlo de la Fuente y su hermano, el sacerdote Francisco Merlo de la Fuente. Inicialmente se llamó Hospital de los Remedios, porque estaba bajo la advocación de Nuestra Señora de los Remedios y tenía sólo 6 camas. Los hermanos de San Juan de Dios llegaron desde México en 1662 a hacerse cargo del hospital. Con el tiempo y la ayuda del Obispo Fray Antonio de Guadalupe, en 1737 el hospital tomó el nombre de San Juan de Dios, llegó a tener 20 camas y se levantó la capilla “la Caridad” anexa al hospital. El hospital vivía de la caridad de vecinos y amigos teniendo muy escasos ingresos para su operación. Sufrió las consecuencias del terremoto del 14 de Octubre de 1778 y perdió mucha de su estructura. Fue remodelado, llegando a tener 3 salas de 12 camas cada una y una botica bien surtida, contando con 6 hermanos. Se trataban con mayor frecuencia el paludismo, las afecciones respiratorias, el reumatismo y procesos gastrointestinales. Existen registros de actividades de inmunización de la población en el año 1806.
La nueva etapa de vida de la Orden en Honduras se inicia con el arribo a San Pedro Sula de un grupo de hermanos de la Provincia de México y América Central, entre ellos el hermano Félix Gómez Barabata, por invitación de Monseñor Angel Garachana Pérez, el 3 de Febrero del año 2000. Tres hermanos se establecen en la Colonia Aurora, gracias al apoyo de vecinos de la parroquia, donde se dedican a la visita a los enfermos de las colonias Aurora y Tepeaca, a proveer asistencia médica general y de enfermería, así como a apoyar en la pastoral de la salud de la parroquia. Muy pronto, los hermanos colaboraban en el Dispensario Médico de la colonia que lleva el nombre de San Juan de Dios, ubicado en la 4 Calle y 13 Avenida, detrás de la Iglesia de San Juan de Dios, una pequeña capilla que forma parte de la Parroquia San José.
En el año 2004, por medio de un estudio de campo, los hermanos reconocen a la atención de la salud mental de las personas como la necesidad más importante de la región y comienzan a planear el desarrollo de un proyecto para la construcción de un hospital. Se asocian con Organizaciones no Gubernamentales de España y recaudan los recursos indispensables para la construcción de un centro de atención médica con el apoyo del gobierno municipal de San Pedro Sula, en 7 manzanas de los terrenos anexos a la Residencial Palos Verdes. A finales del 2007, se inaugura la primera etapa del Hospital San Juan de Dios que comprendía los edificios de Consulta Externa, Rehabilitación, Lavandería y Bodegas.
El 7 de Enero de 2008 se inicia la atención de usuarios en la Consulta Externa, funcionando como un Centro Comunitario de Salud Mental y se comienzan las obras de construcción del área de hospitalización y las demás áreas necesarias para su funcionamiento. Sólo hasta finales del año 2009, se termina la construcción del edificio administrativo del centro. En esa época se contaba con los servicios de Atención Médica por Psiquiatría, Psicología, Trabajo Social, Enfermería y la Farmacia
El 21 de Junio de 2006, la Secretaría de Salud de Honduras manifestó su disposición para trabajar en convenio con el Hospital, haciéndose cargo de los gastos del personal y la dotación de medicamentos, con el propósito de resolver las necesidades en salud mental de la población de la región de Cortés, pero los trámites necesarios no se realizaron.
Sólo hasta el 15 de Febrero de 2016, el gobierno de Honduras, a través de la Secretaría de Salud, firma el primer convenio de gestión para la prestación de servicios de segundo nivel de atención con la Orden Hospitalaria, como asociación privada de carácter religioso, ante la apertura del gobierno nacional a la posibilidad de delegar la prestación de servicios de salud en entidades privadas, una responsabilidad exclusiva del estado, que se ha venido renovando hasta la fecha.
Hoy el hospital San Juan de Dios es el tercer hospital de Salud Mental de Honduras, el único de carácter privado trabajando en convenio con el estado. Hace parte de la red nacional de instituciones hospitalarias, en el segundo nivel de atención por ser un hospital de especialidades. Ha sido elegido como el tercer mejor hospital del país, entre 32 instituciones de salud de todo el territorio nacional, según un estudio del Consejo Nacional Anticorrupción llevado a cabo en los años 2022 y 2023.
El área de influencia del hospital San Juan de Dios son los departamentos de la zona noroccidental del país, con un impacto en una población de alrededor de 3.319.000 habitantes, el 34% de todo el país, desde donde se reciben la mayor cantidad de usuarios de los servicios que presta, aunque personas de todos los 22 departamentos del país han visitado el hospital. Más de 200 personas asisten al hospital cada día, pudiendo realizar unas 2000 atenciones cada mes. En toda su historia se han ofrecido más de 161.000 atenciones y se han beneficiado más de 65.000 personas, el 75% de ellas de bajos recursos económicos.
La Orden Hospitalaria de San Juan de Dios, una institución de la iglesia católica de carácter benéfico social, tiene la misión de hacer presencia en el mundo de la salud para acoger y aliviar el sufrimiento en especial de los más pobres y necesitados, siguiendo siempre el camino y el ejemplo de Jesús en su vida en la historia de la humanidad, continuará trabajando por el pueblo hondureño con esperanza, procurando hacer el bien con los mejores estándares de calidad posibles, buscando siempre la calidez como su característica fundamental, como lo ha hecho por los últimos 25 años en el país.
